Η βιολογική καλλιέργεια ελαχιστοποιεί ή αποφεύγει πλήρως τη χρήση χημικών λιπασμάτων, εντομοκτόνων, ζιζανιοκτόνων, ρυθμιστών ανάπτυξης των φυτών, ορμονών καθώς και πρόσθετων ουσιών στις ζωοτροφές.

Τα οφέλη της βιολογικής καλλιέργειας, αν και έχει μικρότερες παραγωγικές αποδόσεις έναντι εκείνων της συμβατικής γεωργίας, είναι κυρίως οικολογικά. Με τις κατάλληλες καλλιεργητικές μεθόδους διατηρείται η γονιμότητα των εδαφών (π.χ. αμειψισπορά, αγρανάπαυση, φυσικά λιπάσματα), η βιολογική ισορροπία και η ενίσχυση του καλλιεργούμενου φυτού έναντι παρασίτων, ζιζανίων, παθογόνων, ενώ παράλληλα βελτιώνεται η θρεπτική αξία (θρεπτικές ουσίες, ζάχαρα, βιταμίνες, ιχνοστοιχεία) και τα οργανοληπτικά χαρακτηριστικά του προϊόντος.